《啟示錄》中，約翰在異象中所見從天國降臨到地球上的神的城市名稱(啟示錄21：2)。在啟示錄21中，美麗地描述了"新耶路撒冷"從天堂降臨。這個預言指當耶穌基督重返地球時，他的信徒會歸入他，并為神統(tǒng)治世界。新耶路撒冷被描寫成正方體，用金子、寶石和珍珠建成，閃耀著神的榮耀，并且來自天上，那時神與人類同在！

新耶路撒冷修道院由尼康牧首創(chuàng)建于1656年，作為牧首在莫斯科的郊區(qū)的住所。修道院以新耶路撒冷命名，選擇該地點是因為它類似圣地。伊斯特拉河代表約旦河，建筑代表耶路撒冷的圣地。尼康牧首招募了一些非俄羅斯籍的修士，以代表天上的耶路撒冷。修道院建筑群包括復活大教堂（1656年至1685年）、尼康牧首府?。?658年）、圣三一教堂（1686年至1698年）等。在17世紀，新耶路撒冷修道院擁有一個大型圖書館，手稿來自其他修道院。到1764年世俗化時，修道院擁有約13000名農民。

1918年，新耶路撒冷修道院被關閉。1920年，在修道院的原址建立了歷史和藝術博物館。1935年，在此又設立了莫斯科州區(qū)域研究博物館。1941年，德國軍隊洗劫了新耶路撒冷修道院。他們在撤退之前，炸毀了獨特的大鐘樓，塔被拆除;大教堂的拱頂坍塌，掩埋了著名的圣像壁，和其他珍寶。1959年，博物館重新向公眾開放，但是鐘樓沒有重建，而教堂的內部仍是光禿禿的。直到1990年代新耶路撒冷修道院才重新恢復宗教用途。

2009年3月俄羅斯總統(tǒng)梅德韋杰夫簽署總統(tǒng)令，恢復并修復新耶路撒冷修道院。聯(lián)邦政府動用聯(lián)邦預算修復該修道院，普京內閣的副總理維克托·祖布科夫估計將耗資約130-200億俄羅斯盧布。[